Prestashop vs Shopify : quelles différences dans le traitement comptable ?

Prestashop et Shopify peuvent sembler proches d’un point de vue commercial. Dans les deux cas, vous vendez en ligne, encaissez via des modules de paiement et gérez vos commandes depuis un back-office. Comptablement, en revanche, la logique des flux n’est pas identique.

La différence ne tient pas à l’interface, mais à l’architecture des encaissements, à la centralisation des paiements et à la manière dont les commissions sont prélevées. Si vous traitez Shopify comme Prestashop, ou l’inverse, vous risquez de mal reconstituer votre chiffre d’affaires et de fausser votre marge.

Voici les différences techniques concrètes qui impactent votre comptabilité.

Le point de départ : qui encaisse réellement le paiement ?

C’est le point de départ, qui, que vous utilisez Shopify ou Prestashop, encaisse le paiement ?

Les paiements sur Prestashop

Prestashop est un logiciel open-source, il n’encaisse rien. Le paiement transite par un module externe : Stripe, PayPal, PayPlug, Alma, etc.

Le schéma est généralement le suivant :

1. Le client paie
2. Le module encaisse
3. Le module prélève sa commission
4. Le solde est versé sur votre compte bancaire

Prestashop enregistre la commande, mais les flux financiers sont éclatés entre plusieurs acteurs.

Les paiements sur Shopify

Shopify, quant à lui, propose son propre système intégré : Shopify Payments. Même si vous pouvez utiliser Stripe ou PayPal, beaucoup de marchands utilisent le système natif.

Dans ce cas :

1. Le client paie via Shopify Payments
2. Shopify centralise les encaissements
3. Shopify prélève ses frais
4. Le solde est versé selon un calendrier précis

La différence majeure est la centralisation. Shopify regroupe une grande partie des flux dans un seul environnement. Conséquence comptable : avec Prestashop, vous devez rapprocher plusieurs sources. Avec Shopify, les flux sont plus intégrés, mais pas nécessairement plus simples à lire. Un point pour Shopify sur ces aspects.

Centralisation des commissions : éclatées vs regroupées

Sur Prestashop

Les commissions sont liées aux modules de paiement. Si vous utilisez Stripe et PayPal, vous avez deux centres de frais distincts.

Chaque module applique un pourcentage, des frais fixes et parfois des frais supplémentaires (litiges, paiements internationaux). Les commissions apparaissent dans les interfaces des modules, pas dans Prestashop lui-même.

La comptabilité doit donc rapprocher :

• Les ventes Prestashop
• Les commissions module
• Les virements bancaires.

Sur Shopify

Avec Shopify Payments, les frais sont visibles dans l’interface Shopify. Toutefois, Shopify prélève également :

• L’abonnement mensuel
• D’éventuels frais de transaction si vous utilisez un module tiers
• Les frais liés à certaines options (paiement fractionné, international)

La particularité est que Shopify peut prélever certaines commissions avant le versement, mais aussi facturer des frais mensuels séparément.

Conséquence : les flux peuvent être regroupés… mais leur ventilation doit être reconstituée avec précision.

Lecture du chiffre d’affaires : brut affiché vs net versé

Avec les deux outils e-commerce, le piège est le même : confondre le montant versé avec le chiffre d’affaires. Mais la mécanique diffère légèrement.

Sur Prestashop, vous voyez le chiffre d’affaires brut dans le back-office. Les commissions sont ailleurs. Le risque est d’oublier de les intégrer en charge.

Sur Shopify, les rapports financiers affichent des synthèses intégrant parfois ventes, remboursements et frais dans une même vue. Le risque est d’utiliser un rapport agrégé sans distinguer :

• Le chiffre d’affaires brut
• Les frais de paiement
• Les remboursements
• Les taxes collectées

Shopify propose des exports détaillés, mais leur lecture nécessite une ventilation comptable rigoureuse. Un petit point de plus pour Shopify mais vigilance tout de même.

Gestion de la TVA : paramétrage et responsabilité

Sur les deux plateformes, la TVA est calculée selon les paramètres que vous définissez. La différence tient davantage à l’écosystème qu’à la plateforme elle-même.

Prestashop repose sur vos modules et vos réglages internes. Une mauvaise configuration peut générer des incohérences, notamment en ventes multi-pays.

Shopify intègre davantage d’outils automatisés, notamment pour la gestion des ventes internationales. Mais l’automatisation ne supprime pas la responsabilité déclarative.

Dans les deux cas, la comptabilité doit vérifier :

• Le chiffre d’affaires HT
• La TVA collectée
• La cohérence entre les exports et les déclarations

La différence n’est donc pas fiscale, mais structurelle : Shopify centralise davantage les données, Prestashop les disperse.

Remboursements : circuit technique différent

Sur Prestashop, un remboursement peut être déclenché depuis le back-office, depuis le module de paiement ou via un litige bancaire. Le flux financier dépend du module utilisé.

Sur Shopify, le remboursement est souvent initié directement dans l’interface Shopify, qui déclenche ensuite l’opération via Shopify Payments ou le module choisi.

La différence comptable est la traçabilité. Shopify centralise davantage l’historique des remboursements, alors que sur Prestashop, il faut parfois croiser plusieurs interfaces pour reconstituer le flux complet.

Dans les deux cas, le traitement comptable reste identique : correction du chiffre d’affaires et de la TVA, intégration des frais éventuels. Mais la manière d’obtenir l’information diffère.

Abonnements et coûts fixes : une différence structurelle

Prestashop est open-source. Vous ne payez pas d’abonnement à la plateforme elle-même, mais vous devez vous acquitter de :

• L’hébergement
• Des modules
• Du développement et de la maintenance

Ces coûts sont éclatés et souvent facturés par différents prestataires.

Shopify fonctionne sur un modèle d’abonnement mensuel. À cela peuvent s’ajouter :

• Des pplications payantes
• Des thèmes premium
• Des commissions spécifiques

Comptablement, Shopify génère davantage de charges récurrentes centralisées, alors que Prestashop produit des charges plus dispersées. La lecture des coûts fixes n’est donc pas organisée de la même manière.

Shopify ou Prestashop, même constat : vous avez besoin d’un expert-comptable

La différence principale n’est pas dans la nature des opérations (vente, commission, remboursement, TVA) mais dans leur architecture.

Avec Prestashop, la difficulté vient de la dispersion des flux. Avec Shopify, elle vient de la centralisation parfois trop synthétique.

Dans les deux cas, une comptabilité fiable suppose de :

• Identifier le chiffre d’affaires brut réel
• Isoler précisément les commissions
• Suivre les remboursements
• Vérifier la TVA collectée
• Rapprocher les virements bancaires

Mais la méthode d’extraction des données ne sera pas identique.

Chez Excilio, nous adaptons le traitement comptable à l’architecture technique de la plateforme utilisée. L’objectif n’est pas de faire entrer Shopify ou Prestashop dans un modèle standardisé, mais de reconstruire fidèlement vos flux réels.

Prestashop et Shopify vendent des produits, la comptabilité, elle, reconstruit la logique financière derrière ces ventes.