Excilio, l’expert-comptable spécialiste de Shopify
Shopify est un excellent moteur de vente. Mais pour qu’il devienne un vrai moteur de croissance, il faut une comptabilité capable de lire ses flux correctement : ventes brutes vs nettes, remboursements, frais Shopify Payments, taxes, multi-canal, stock, TVA intra-UE…
Excilio accompagne des e-commerçants qui vendent sur Shopify (et souvent ailleurs). Notre rôle : connecter Shopify à votre comptabilité, fiabiliser vos données et transformer vos rapports Shopify en indicateurs exploitables. Bref : une compta Shopify automatisée, mais jamais laissée en pilote automatique.
Nos partenaires et clients



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Nos missions d’expertise comptable avec Shopify
Tenue comptable en temps réel des ventes Shopify
Shopify génère plusieurs niveaux de chiffres (Gross sales, Net sales, Total sales, paiements reçus, payouts). Une comptabilité Shopify fiable commence par le bon référentiel :
- Reconnaître le CA au brut (ventes HT + TVA), pas sur les virements nets.
- Ventiler automatiquement : ventes, remises, retours, frais de livraison facturés, cartes cadeaux, avoirs, etc.
- Identifier par canal : Boutique Shopify, Shop App, marketplaces connectées, social commerce.
Dans la pratique, notre cabinet s’appuie sur les exports Shopify et les connecteurs pour récupérer le détail des ventes et ajuster les règles comptables. Shopify permet l’export et le suivi de vos données (ventes, produits, commandes) en CSV quand nécessaire.
Contrôle des paiements Shopify Payments (et autres PSP)
Si vous encaissez via Shopify Payments, les flux passent par Shopify puis sont versés en “payouts” sur votre banque. Shopify fournit un détail des versements, des transactions et des frais, exportable en CSV.
Notre travail consiste à :
- Créer un compte de passage dédié Shopify Payments (511x) pour ne pas confondre trésorerie et CA.
- Lettrer les payouts avec les ventes et les frais correspondants.
- Traiter les litiges/chargebacks comme des événements comptables distincts (produits annulés + frais).
- Gérer le multi-PSP (Stripe, PayPal, Alma, Klarna…) quand Shopify n’est pas l’unique collecteur.
Résultat : un rapprochement net/brut propre, et un estompage des écarts chroniques liés aux frais et aux délais de versement.
TVA Shopify : franchise, réel, OSS/IOSS et règles EU
Shopify calcule et affiche les taxes, mais ne se substitue jamais à votre régime TVA. En Europe, Shopify Tax prévoit des paramétrages spécifiques pour la TVA/VAT et la génération de factures si vos enregistrements sont à jour.
Concrètement, Excilio sécurise :
- Seuil de franchise en base et bascule au régime réel (anticipation des dates et impacts trésorerie).
- TVA France : taux par produit, frais de port taxables, remises.
- Ventes UE B2C : OSS (One-Stop Shop) si seuils dépassés, suivi par pays.
- Ventes hors UE : IOSS/TVA import selon Incoterms et modèles logistiques.
- Cas mixtes : produits à taux différents, bundles, ventes digitales + physiques.
Stocks, COGS et marge réelle
Shopify sait gérer un stock “logistique”. Une comptabilité, elle, doit produire une marge fiable. Nos missions :
- Valorisation des stocks (achats, frais d’approche, variations).
- Calcul du COGS (coût des ventes) pour obtenir une marge brute réelle.
- Suivi par SKU / famille si vous pilotez une boutique multi-gammes.
- Gestion des retours : impact stock + impact produit/TVA.
On connecte vos flux d’achats (fournisseurs, transitaires, 3PL) et on met en place la mécanique comptable adaptée à votre rythme (mensuel, trimestriel…).
Reporting financier Shopify
Au-delà de “combien j’ai vendu”, Shopify donne des signaux clés… à condition de les relire correctement :
- Net sales vs Total sales : que faut-il comparer ?
- Discount rate et impact sur la marge.
- CAC/ROAS (Meta, TikTok, Google) connectés aux ventes Shopify.
- Marge par canal (Shopify vs marketplaces) pour arbitrer la croissance.
- BFR : stock + délai de payouts + paiement fournisseurs.
Nous structurons des tableaux de bord (Pennylane ou autre) qui réconcilient Shopify + banques + ads + stock, pour une lecture “dirigeant”.

L’enjeu de votre comptabilité Shopify
Pourquoi choisir Excilio pour votre comptabilité Shopify ?
Cabinet 100 % digital… mais commerçant dans l’ADN
Nos clients Shopify ne veulent pas un cabinet “généraliste”. Ils veulent quelqu’un qui comprend : paniers moyens, retours, ads, logistique, rupture de stock, internationalisation. On parle votre langage d’e-commerçant.
Une comptabilité connectée à vos vrais flux Shopify
Shopify Payments, Stripe, PayPal, Amazon, TikTok Shop… On met en place une architecture de flux unique, lisible, automatisée, sans sacrifier le contrôle humain.
Tarification sur-mesure et transparente
Le nerf de la guerre Shopify, c’est le volume de flux. Nos forfaits sont ajustés à cette réalité : pas de package sous ou surdimensionné, pas d’options surprises.
Migration ou remise à plat Shopify ? On s’en occupe
Vous avez un historique Shopify compliqué, un ancien cabinet, ou une compta tenue “à la main” ? On reprend le passé, on reconcilie les flux et on redémarre proprement sans casser l’activité.
Échangeons sur votre besoin d’expert-comptable Shopify
Notre approche métier avec Shopify
Shopify sert des modèles d’e-commerce très différents. Notre rôle est d’adapter la comptabilité au vôtre.
La FAQ Shopify qui intéresse tous les e-commerçants
Shopify suffit-il pour gérer ma comptabilité ?
Quelle différence entre les ventes Shopify et les payouts reçus ?
Dois-je faire une facture pour chaque commande Shopify ?
Comment gérer la TVA quand je vends dans l’UE via Shopify ?
Que faire si j’utilise Stripe/PayPal en plus de Shopify Payments ?




