Quelle solution de paiement en ligne (PSP) choisir pour votre e-commerce ?

Choisir une solution de paiement en ligne est l’une des décisions les plus structurantes pour une activité e-commerce. Derrière un simple bouton “Payer”, se cachent des enjeux majeurs : taux de conversion, frais réels, expérience client, gestion des litiges, internationalisation… et bien sûr, traitement comptable et fiscal.

Stripe, PayPal, Mollie, Amazon Pay, Alma, Klarna… les options sont nombreuses. Pourtant, il n’existe pas de “meilleure” solution universelle. Il existe surtout des solutions adaptées à des modèles e-commerce précis.

L’objectif de ce guide signé Excilio est de vous aider à choisir le bon PSP en fonction de votre activité, tout en comprenant les implications concrètes sur votre comptabilité, votre TVA et votre pilotage financier. 

Qu’est-ce qu’un PSP et quel est son rôle réel ?

Un PSP (Payment Service Provider) est un intermédiaire technique et financier qui permet d’encaisser des paiements en ligne. Mais il ne se contente pas de “faire transiter de l’argent”.

En gros, un PSP :

• Autorise les paiements (CB, wallets, virements, BNPL),
• Encaisse les fonds,
• Prélève ses frais,
• Gère parfois les litiges et rétrofacturations,
• Reverse des montants nets sur votre compte bancaire.

Un point clé souvent mal compris : un PSP ne calcule pas votre chiffre d’affaires, ne gère pas votre TVA, et ne produit aucune comptabilité exploitable. Il génère des flux bruts, nets, partiels et différés qu’il faut interpréter correctement.

Les critères essentiels pour choisir votre solution de paiement

Avant de comparer les acteurs, il faut comprendre ce qui fait réellement la différence entre eux.

L’expérience de paiement et la conversion

Un moyen de paiement mal adapté à votre cible peut faire chuter le taux de conversion. Certains marchés préfèrent la carte bancaire, d’autres les wallets ou les moyens de paiement locaux. Le choix du PSP a donc un impact direct sur le chiffre d’affaires.

Les frais visibles… et invisibles

Au-delà du taux affiché, il faut intégrer :

• Les frais fixes par transaction,
• Les frais de remboursement,
• Les frais de change,
• Les commissions sur certains moyens de paiement,
• Les coûts liés aux litiges.

Ces éléments impactent directement la marge nette.

La gestion des remboursements et litiges

Tous les PSP ne se valent pas sur ce point. Or en e-commerce, remboursements et contestations font partie du quotidien. Leur traitement a un impact comptable et fiscal non négligeable.

L’international et la TVA

Si vous vendez hors de France, le PSP doit être compatible avec votre stratégie internationale. Mais attention : compatibilité ne veut pas dire conformité fiscale automatique.

L’intégration comptable

Certains PSP sont plus faciles à intégrer dans une comptabilité structurée, notamment lorsqu’ils sont compatibles avec des outils comme Pennylane.

Le comparatif des principales solutions de paiement e-commerce

Stripe : la solution la plus flexible pour les e-commerces structurés

Stripe est aujourd’hui l’un des PSP les plus utilisés par les e-commerces en croissance. Il offre une grande souplesse : paiements par carte, wallets, abonnements, marketplaces, multi-devises.

Il est particulièrement adapté aux boutiques en ligne qui :

• Ont un volume de transactions significatif,
• Vendent à l’international,
• Utilisent des abonnements ou du paiement récurrent,
• Veulent un pilotage fin des flux.

Sur le plan comptable, Stripe génère beaucoup de mouvements : ventes, frais, remboursements, litiges, paiements différés. Une structuration rigoureuse est indispensable pour éviter les écarts entre ventes, virements et TVA déclarée.

PayPal : la solution rassurante pour le client, plus délicate en gestion

PayPal reste un moyen de paiement très apprécié des clients, notamment pour la confiance qu’il inspire. Il est souvent utilisé en complément d’un autre PSP.

Cependant, PayPal fonctionne comme un portefeuille : il encaisse, retient des frais, gère des litiges parfois longs, puis reverse. Comptablement, cela crée souvent de la confusion, surtout si l’on se base uniquement sur les virements nets.

PayPal est pertinent si :

• Votre cible y est très attachée,
• Vous vendez à l’international,
• Vous acceptez une gestion plus fine des litiges.

Mais il nécessite une organisation comptable spécifique pour éviter une sous-déclaration du chiffre d’affaires.

Mollie : un excellent choix pour l’e-commerce « moderne »

Mollie s’est imposé comme un PSP de référence en Europe grâce à sa simplicité et à son large éventail de moyens de paiement locaux (iDEAL, Bancontact, Sofort…).

Il est particulièrement adapté aux e-commerces qui :

• Vendent principalement en Europe,
• Veulent maximiser la conversion locale,
• Cherchent une solution simple à intégrer.

Attention toutefois : les frais varient selon les moyens de paiement, et la lecture de la marge par pays nécessite une ventilation comptable adaptée.

Amazon Pay : pertinent dans un écosystème Amazon

Amazon Pay peut rassurer les clients habitués à Amazon, mais il est rarement utilisé comme unique PSP. Il est surtout pertinent si Amazon représente déjà une part importante de votre activité.

Comptablement, il s’intègre comme un PSP classique, mais avec des règles propres et une logique parfois proche des marketplaces.

Alma, Klarna et le paiement fractionné

Les solutions de paiement en plusieurs fois peuvent booster le panier moyen. Mais elles modifient la structure des flux : décalage d’encaissement, commissions spécifiques, parfois prise de risque par le PSP.

Il est essentiel d’intégrer ces éléments dans le calcul de marge et la gestion de trésorerie, sous peine de mauvaises surprises.

Faut-il utiliser un seul PSP ou en combiner plusieurs ?

Dans la majorité des cas, combiner plusieurs PSP est une bonne stratégie :

• Un PSP principal pour les paiements carte,
• Un wallet (PayPal) pour la confiance,
• Éventuellement une solution locale ou fractionnée.

Mais plus vous multipliez les PSP, plus la complexité comptable augmente. Sans structuration, il devient difficile de suivre la marge réelle, les frais cumulés et la TVA.

L’impact du choix du PSP sur votre comptabilité et sur votre TVA

C’est souvent le point négligé au départ. Chaque PSP génère :

• Des ventes brutes,
• Des frais non négligeables,
• Des remboursements,
• Des litiges,
• Des virements nets différés.

La comptabilité doit toujours partir des ventes, pas des virements reçus. Une mauvaise lecture des flux PSP est l’une des principales causes d’erreurs de TVA et d’écarts de résultat en e-commerce.

Quelle solution de paiement retenir au final pour votre e-commerce ?

Un e-commerce en phase de lancement privilégiera souvent la simplicité et la rapidité de mise en place.

Un e-commerce en croissance cherchera la flexibilité et la compatibilité internationale.

Un e-commerce structuré devra surtout raisonner en coût total de paiement et en facilité de pilotage comptable.

Il n’y a donc pas de réponse universelle, mais une logique d’alignement entre :

• Modèle économique,
• Cible client,
• Volume,
• Complexité fiscale,
• Capacité de pilotage.

Choisir et structurer vos PSP avec Excilio

Chez Excilio, nous ne nous contentons pas de “tenir la comptabilité”. Nous analysons vos flux de paiement, vos PSP, vos frais réels et leur impact sur la marge et la TVA.

Notre accompagnement permet de

• Choisir les PSP adaptés à votre modèle,
• Structurer les flux comptables proprement,
• Fiabiliser votre gestion de la TVA,
• Transformer vos paiements en indicateurs de pilotage.

Le PSP est un outil commercial, la comptabilité en fait un levier stratégique. C’est précisément là que notre rôle prend tout son sens. Contactez-nous pour la mise en place de votre PSP adaptée !