Stripe : gérer vos déclarations et votre comptabilité [GUIDE COMPLET]

Stripe est devenu le standard des paiements en ligne pour les SaaS, DNVB et e-commerçants. Encaissements, abonnements, marketplaces, multi-devises… tout y passe. Mais côté fiscalité et comptabilité, les erreurs sont fréquentes : confondre chiffre d’affaires brut et virements nets, mal traiter la TVA, oublier les frais, ou ne pas suivre les litiges...

Ce guide signé Excilio fait le point pour fiabiliser vos flux Stripe et éviter les mauvaises surprises. Objectif : transformer vos données de paiement en pilotage financier utile.

Comprendre les données Stripe avant tout

Avant d’aborder fiscalité, TVA et écritures, il faut décoder comment circule l’argent dans l’écosystème Stripe. C’est la clé pour ne pas mélanger produits, frais, remboursements et conversions de devises. Ce qui suit s’applique que vous vendiez des abonnements, des biens, ou que vous opériez une marketplace via Connect.

Flux bruts, solde Stripe et virements bancaires

• Transaction client : Stripe encaisse le montant brut (ex. 120,00 € TTC).
• Commissions Stripe : la plateforme retient ses frais (par ex. 2,9 % + 0,25 €), et parfois des frais additionnels (Radar, Billing, Connect).
• Solde Stripe (Balance) : votre “compte de paiement” s’alimente au fil des ventes, remboursements et litiges.
• Payout / Virement : Stripe vous verse périodiquement un montant net sur votre banque (ex. 116,50 €), différent du chiffre d’affaires.

Conséquence comptable : le CA se constate au brut (hors TVA) au moment de l’exigibilité, pas au montant du virement. Les commissions sont des charges séparées.

Disputes, remboursements, avoirs et abonnements

• Remboursement : sortie de trésorerie depuis la Balance ; comptablement, c’est un retour/avoir sur ventes (et ajustement de TVA si exigible).
• Dispute/chargeback : Stripe débite la Balance du montant contesté + frais de litige ; si vous gagnez, le montant est recrédité.
• Abonnement (Billing) : gestion des prorata, essais, remises, annulations → attention au revenue recognition : le paiement peut être encaissé avant la période couverte.

Bonne pratique : suivre séparément ventes, avoirs, litiges et frais de litige pour garder une marge lisible.

Multi-devises et change

Vous pouvez encaisser en USD/GBP/EUR… Stripe applique un taux de change + frais FX si vous convertissez.

Comptablement : vous devez distinguer produit en devise, différences de change (gains/pertes), frais FX. Ne jamais confondre variation de taux et commission.

Stripe et TVA : comment ça fonctionne ?

La TVA dépend de ce que vous vendez (biens/services), à qui vous vendez (B2C/B2B, France/UE/hors UE) et d’où part le bien. Stripe n’applique pas la TVA pour vous : c’est à vous de paramétrer vos règles et de déclarer. Les lignes suivantes vous donnent le cadre et les réflexes à adopter.

La base : exigibilité et taux de TVA via Stripe

• Biens (B2C France) : TVA collectée sur la vente au taux applicable (20 %, 10 %, 5,5 % selon le produit).
• Services (SaaS, formations non exonérées…) : TVA collectée au taux français si client B2C français.
• B2B UE : si client valide et n° TVA intracom fourni alors autoliquidation (pas de TVA collectée, mention obligatoire).
• B2C UE : si vous livrez des biens intra-UE à des consommateurs et dépassez le seuil OSS (10 000 € intra-UE), collectez la TVA du pays du client et déclarez via OSS.
• Extra-UE : règles spécifiques (droits, IOSS pour import <150 €, exonérations export…).
  

Stripe n’est pas un guichet de TVA : il enregistre les encaissements ; à vous d’implémenter les règles dans votre boutique/app et vos factures.

Commissions Stripe : TVA ou pas TVA ?

Les services de paiement sont souvent exonérés de TVA. En revanche, certains modules (ex. Radar for Fraud Teams, Billing avancé, Sigma, Atlas, Connect “platform fee”) peuvent être soumis à TVA intracommunautaire (prestataire irlandais) avec autoliquidation par le client assujetti.

Le réflexe à adopter : télécharger les invoices Stripe (Billing > Documents) et traiter chaque ligne : frais de paiement (souvent exonérés) vs services logiciels (souvent autoliquidation). Conservez les factures pour justifier vos charges et, le cas échéant, votre DEB/État récapitulatif TVA.

Remboursements et avoirs : impact sur votre TVA

• Avoir total : annule la base HT et la TVA collectée.
• Avoir partiel : corrige prorata base + TVA.
• Dispute perdue : assimilable à un remboursement → ajustement TVA si déjà déclarée.
  

Conseil : documentez l’avoir côté facturation ; ne vous contentez pas du mouvement Stripe.

Comment relier Stripe à vos écritures comptables ?

La comptabilité Stripe repose sur un principe simple : distinguer ce que le client paie, ce que Stripe prélève et ce que vous touchez réellement. Une bonne écriture comptable permet d’éviter la confusion entre chiffre d’affaires, frais et virements nets. Voici des cas pratiques qui couvrent 80 % des situations.

Vente TTC encaissée dans Stripe

Lorsqu’un client achète un produit à 120 € TTC via Stripe, tout l’argent transite d’abord sur votre compte Stripe avant d’arriver sur votre banque. En comptabilité :

• On enregistre le chiffre d’affaires HT (ex. 100 €),
• On enregistre la TVA collectée (ex. 20 €),
• On crédite le compte Stripe de 120 € (le total payé par le client).
  

Cela signifie que votre chiffre d’affaires est toujours comptabilisé au montant brut encaissé, même si Stripe ne vous verse qu’une partie après frais.

Commissions Stripe et services

Stripe retient automatiquement ses frais (ex. 3,48 € sur la vente précédente). Pour les enregistrer :

• On débite un compte de charges (frais financiers ou services logiciels),
• On crédite le compte Stripe du même montant.
  

Résultat : vos frais sont comptabilisés séparément, et vous gardez une vision claire de votre marge réelle.

Petite subtilité : certains services Stripe (Radar, Billing, Sigma) sont facturés depuis l’Irlande. Dans ce cas, vous devez appliquer le mécanisme d’autoliquidation de TVA (vous déclarez à la fois la TVA due et la TVA déductible).

Virement entre Stripe et votre banque

Quand Stripe vous reverse l’argent (par exemple 116,52 € après frais), on fait simplement passer la somme du compte Stripe à votre compte bancaire.

• On débite le compte Banque (512),
• On crédite le compte Stripe (511x).
  

Ce transfert sert à rapprocher vos mouvements Stripe de vos relevés bancaires. Normalement, le compte Stripe doit retomber à zéro chaque mois (sauf litiges ou virements en attente).

Remboursement / Avoir

Si vous remboursez un client, il faut annuler la vente correspondante. Exemple : remboursement de 60 € TTC.

• On débite un compte d’avoirs (709),
• On débite la TVA collectée (4457) à hauteur de 10 € (le prorata),
• On crédite le compte Stripe du montant total (60 €).
  

Cela permet de corriger à la fois votre chiffre d’affaires et la TVA déclarée.

Litige (perdu)

En cas de contestation (chargeback) que vous perdez, Stripe vous retire la somme du litige et applique souvent des frais (ex. 15 €).

• On débite un compte de pertes exceptionnelles ou de litiges (671x),
• On débite les frais de litige en charges (627),
• On crédite le compte Stripe du total prélevé.
  

Sans cette écriture, vous risquez de surestimer votre chiffre d’affaires et d’oublier l’impact des litiges sur votre marge.

Les erreurs fréquentes avec Stripe (et comment les éviter)

Stripe est un outil puissant, mais sa logique n’est pas celle d’un simple compte bancaire. Beaucoup de SaaS, DNVB et e-commerçants commettent les mêmes erreurs : confondre flux de ventes et flux de paiements, oublier certains frais ou mal suivre les litiges. Connaître ces pièges vous permet de fiabiliser vos chiffres et d’éviter des écarts coûteux.

Confondre chiffre d’affaires et virements nets

Le virement que Stripe envoie sur votre compte bancaire est toujours inférieur au chiffre d’affaires réellement généré. Pourquoi ? Parce que Stripe prélève déjà ses commissions.

Exemple : un client paie 100 €, vous n’encaissez que 96,80 € sur votre banque. Si vous déclarez uniquement ce virement, vous sous-estimez vos ventes et faussez votre TVA. La règle : partir du brut encaissé dans Stripe, puis retraiter les frais et la TVA séparément.

Oublier les frais et les frais de litige

Chaque paiement traité par Stripe entraîne une commission (souvent 1,4 % à 2,9 % + 0,25 €). Si vous utilisez des services additionnels (Radar, Billing, Sigma…), d’autres frais apparaissent. Et en cas de litige perdu, Stripe applique une pénalité supplémentaire.

Sans les intégrer correctement en charges, vous croyez avoir une marge confortable… alors qu’elle est grignotée par ces frais invisibles. Un suivi analytique permet de calculer votre taux de conversion net réel après frais.

Mal gérer remboursements et avoirs

Beaucoup d’entrepreneurs remboursent un client via Stripe mais oublient de passer l’écriture comptable correspondante. Résultat : la vente initiale reste comptée, la TVA reste collectée… et votre comptabilité est fausse.

Mettez en place un process clair : remboursement = émission d’un avoir = ajustement de TVA. Sans cette étape, vous risquez de payer de la TVA sur des ventes annulées.

Diluer le multi-devises

Stripe facilite les ventes à l’international, mais sans paramétrage comptable précis, vous mélangez plusieurs réalités : le chiffre d’affaires en devise, les frais de change facturés par Stripe et les écarts de conversion liés au taux.

Si vous ne créez pas de comptes dédiés par devise, vous perdez la capacité d’analyser votre vraie performance commerciale à l’étranger. Vos marges en euros peuvent sembler baisser alors qu’il ne s’agit que d’un effet de taux.

Ne pas lettrer le compte Stripe (511x)

Le compte Stripe en comptabilité est un compte de passage (511x). S’il n’est pas régulièrement rapproché et lettré, il gonfle artificiellement avec des écritures non soldées : paiements en transit, litiges en attente, remboursements non traités.

Résultat : vos soldes Stripe et bancaires ne correspondent plus, vous perdez la trace des anomalies. La bonne pratique : un lettrage mensuel obligatoire pour solder ce compte et fiabiliser vos états financiers.

Comment fiabiliser sa comptabilité Stripe (avec Pennylane) ?

Sans méthode, la comptabilité Stripe ressemble à un puzzle : ventes, commissions, litiges, remboursements… tout est éclaté. L’objectif n’est pas de tout traiter à la main, mais de combiner la puissance des intégrations Pennylane avec des contrôles humains réguliers. C’est cette démarche qui transforme vos flux Stripe en un pilotage fiable et clair.

Connecter Stripe et paramétrer un compte de paiement dédié

Première étape : relier Stripe à Pennylane. L’API Stripe permet de récupérer automatiquement toutes les transactions : ventes, remboursements, commissions, litiges.
A faire absolument : créer dans votre comptabilité un compte dédié (511x Stripe) distinct du compte bancaire (512). Cela permet de suivre les flux entrants et sortants de Stripe avant leur virement effectif en banque. Vous gagnez en lisibilité et évitez de “polluer” directement vos relevés bancaires.

Poser des règles d’affectation (ventes, TVA, frais)

Avec Pennylane, vous pouvez poser des règles pour que chaque flux Stripe soit classé automatiquement :

• Ventes : comptes 706 (prestations) ou 707 (marchandises), avec application du bon taux de TVA (20 %, réduits, ou OSS pour l’Europe).
• Frais Stripe : en 627 (services financiers) ou 62x/61x selon la nature des services (paiement, logiciels, add-ons).
• Remboursements / litiges : en 709 (avoirs sur ventes) et frais de litige en 627.
  

Résultat : vos flux sont ventilés proprement, et la TVA est gérée dès la saisie sans avoir à tout retraiter manuellement.

Mettre en place une “checklist de clôture” mensuelle

Même avec l’automatisation, un contrôle humain reste indispensable. Chez Excilio, nous mettons en place une checklist mensuelle spécifique aux flux Stripe :

• Lettrer le compte 511x Stripe avec les virements bancaires,
• Vérifier que les ventes Stripe correspondent aux factures émises (surtout pour SaaS et DNVB),
• Contrôler la TVA collectée vs TVA déclarée (France et OSS),
• Revoir remboursements, avoirs et litiges,
• Sortir un tableau de marge nette après frais Stripe et litiges.
  

Ces points de contrôle évitent les erreurs cumulées et permettent d’avoir une photo fidèle de votre activité.

Suivre les indicateurs qui comptent vraiment

Stripe ne sert pas seulement à encaisser : il fournit aussi des données précieuses. Les bons KPI à suivre :

• Take rate Stripe (frais Stripe / CA brut) pour mesurer votre coût réel de paiement,
• Dispute rate (taux de litiges) et leur coût,
• Churn net (pour les SaaS) et LTV vs coût de paiement,
• Impact FX en cas de multi-devises.
  

Grâce à Pennylane, ces indicateurs sont intégrés à vos tableaux de bord et deviennent actionnables : vous pouvez décider d’optimiser vos moyens de paiement ou vos conditions commerciales.

Pourquoi confier vos flux Stripe à un cabinet spécialisé (Excilio) ?

Stripe n’est pas “juste” un bouton de paiement. C’est une infrastructure financière qui exige une comptabilisation rigoureuse : CA au brut, frais en charges, TVA maîtrisée, 511x lettré, multi-devises cadré, litiges suivis. Connecté à Pennylane et supervisé par un cabinet expert, votre Stripe devient un cockpit utile : vision nette des marges, des taxes et de la trésorerie.

Nous mettons en place l’intégration, les règles d’imputation, la revue mensuelle et un pilotage (marges nettes après frais, churn, disputes, OSS/IOSS si besoin). Vous gagnez en conformité… et en lisibilité business.

Besoin d’y voir clair et d’automatiser sans perdre la main ? Excilio vous accompagne, de l’intégration à la clôture. Contactez-nous pour en discuter !